La historia comienza con lenalee, una muchacha que provenía de la alta sociedad. Su padre el rey Arturo un rey honesto, generoso que reinaba pacíficamente hasta que uno de sus generales dio un golpe de estado y desterró al rey Arturo, a sus hijas y a su esposa, es decir, a toda la familia real. Tiempo después el general Roy se entera que la llave para entrar en una de las habitaciones no se encontraba. Roy enfurecido dio la orden de capturar a toda la familia real. Mientras tanto la familia real escapaba para ocultarse, pero lamentablemente los soldados del rey los alcanzaron. Mataron a la reina, el rey Arturo por miedo a perder a sus hijas las lleva ante un científico loco que trabajaba con experimentos muy avanzados e ilegales.
El científico loco le dijo que necesitaba sangre humana. Para que funcione una máquina que mantendría a las muchachas a salvo. El rey Arturo acepto y entrego su vida para salvar la de sus hijas. Este experimento se basaba en la nanotecnología es una manera de introducir pequeñas moléculas dentro del organismo más pequeñas que una aguja y esto se lleva a cabo esa noche cuando sus hijas dormían tranquilamente, pero el experimento falló y las tres caen al suelo profundamente dormidas el científico trata de despertarlas pero no reaccionan y se da con la sorpresa con quedaran dormidas por mucho tiempo y decide guardarlas en capsulas que conservaban el cuerpo intacto los guarda en una cueva ,muy profunda donde nadie las encontrarían. Pasan los años y efectivamente nadie las encuentra, 2500 años después un arqueólogo mientras realizaba una excavación encuentra la cueva donde se encontraban las muchachas y decide acudir al gobierno y ellos responden que se harán cargo de todo pero lamentablemente el gobierno las investigan descubren la nanotecnología y deciden usarlas como armas vivientes usan todos los métodos para despertarlas pero nada funciona. Una noche uno de sus científicos va al cuarto de las muchachas y ve un resplandor muy fuerte para después ver como las muchachas despertaban, todos sorprendidos se acercan y las ven, las chicas sin saber que hacer preguntan, y los científicos les cuentan que paso 2500 años desde que se quedaron dormidas y ahora vivirán en el cuartel, como ellas no entendían nada aceptan: porque no sabían nada de ese mundo raro donde despertaron pero solo las entrenaban para asesinar personas . Una organización llamada Cromos. Quienes decían luchar por la paz del mundo con su propia justicia, ello se enteran de las bioarmas y deciden deshacerse de ellas y le dan la orden a Train uno de sus mejores números ya que él nunca falló ninguna de sus misiones, luego él se pone en marcha para cumplir su misión.
Y en otro punto de la ciudad Sven un barredor es contratado por una ladrona llamada Rinslet de profesión quien con escusas logra contratarlo pasa los días y Sven se da cuenta de la mentira y le pide explicaciones a Rinslet y ella le cuenta sobre la nanotecnología y a la vez le dice que son las mayores armas del mundo. Mientras tanto en el cuartel Lenalee es probada en una prueba de asesinato y decide salir del cuartel para luego ir a una plaza donde conoce a Sven y le enseña muchas cosas como por ejemplo: la de comer un helado, alimentar a las palomas entre otras cosas y Sven le promete que la llevara a comer una rica cena, pero los generales del cuartel llegan por ella y se la llevan. Después de eso Sven decide ir por Lenalee al cuartel, Rinslet y Sven ingresan entonces al cuartel pero antes de eso Train logra ingresar antes que ellos Sven se da cuenta pero no podía hacer nada revisaban todas las habitaciones pero no la encontraban y solo quedaba una opción el ojo de visión de Sven lo usa y así averigua donde está pero luego ingresa Train e intenta matar a Lenalee pero no lo logra porque es intervenido por la policía sin embargo Sven logra escapar con Lenalee. Dos días después Lenalee le confiesa a Sven que está preocupada por sus hermanas Margaret y Bloom quienes todavía se encontraban en el cuartel y le pide que le ayude a recuperarlas, Sven decide ayudarla y en el intento se vuelven a encontrase con Train pero esta vez no corren la misma suerte y entonces Lenalee decide luchar para proteger a sus hermanas pero no lo logran ya que el laboratorio explotan y sus hermanas fallesen. Después de eso Sven y Lenalee comienzan un viaje juntos donde Lenalee aprenderá muchas cosas, mientras que Train regresa a Cronos.